Hội nghị Khoa học tự nhiên Đồng bằng Sông Cửu Long lần II cũng nhằm hướng đến mục tiêu tăng cường mối quan hệ hợp tác, giao lưu giữa các nhà khoa học, các cơ quan đơn vị trong đào tạo và nghiên cứu khoa học về khoa học tự nhiên. Chủ đề của Hội nghị sẽ được phân chia thành các chủ đề chính, bao gồm:
- Toán học và ứng dụng.
- Vật lý và ứng dụng.
- Hóa học và ứng dụng.
- Sinh học và ứng dụng.
- Giảng dạy toán học và các môn khoa học tự nhiên bậc đại học.