Bộ môn Toán học đã và đang đẩy mạnh hợp tác nghiên cứu khoa học với các đối tác trong lĩnh vực toán học và ứng dụng toán học. Ngoài ra, nhiều lượt cán bộ của Bộ môn đã học tập và nghiên cứu ở nhiều trường đại học danh tiếng trong và ngoài nước góp phần tạo sự kết nối và chia sẻ các kết quả nghiên cứu khoa học với nhau.

* Trong nước:

1. Viện Toán học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
2. Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia TP.HCM
3. Trường Đại học Tôn Đức Thắng
4. Trường Đại học Quy Nhơn
5. Trường Đại học Thủ Dầu Một (Bình Dương)

* Ngoài nước:

1. Trung tâm Đại học Pháp tại TP.HCM (PUF)
2. Đại học Orléans (Pháp)
3. Đại học Tours (Pháp)
4. Đại học Ben Gurion (Israel)
5. Đại học Brest (Pháp)
6. Đại học Quốc lập Trung ương (Đài Loan)
7. Đại học Waterloo (Canada)
8. Đại học Liên Bang Úc
9. Đại học Feng Chia (Đài Loan)